Родился Нектарий в семье благочестивых родителей в 1846 году в Селиврии Фракийской, недалеко от Константинополя, в Крещении был назван Анастасий. Как истинный избранник Божий, мальчик с детства полюбил храм, Священное Писание, научился молитве. Бедность родителей не позволила учиться на родине, и в 14 лет он уезжает в Константинополь, чтобы поступить на работу и оплачивать учебу.
Жизнь в Константинополе была нелегкой. Мальчик устроился на табачную фабрику, но средств не хватало, и однажды отчаявшись, понимая, что помощи ждать не от кого, Анастасий решил обратиться с просьбой к Тому, кого так любил и на Чью помощь уповал всю жизнь. Он написал письмо Господу: “Христос мой, у меня нет фартука, нет обуви. Прошу Тебя послать их мне, Ты знаешь, как я люблю Тебя.” На конверте написал адрес: “Господу Иисусу Христу на небеса” и попросил отнести письмо на почту своего соседа торговца. Тот, удивившись необычной подписи на конверте, раскрыл письмо и, увидев такую просьбу и силу веры, отправил мальчику деньги от имени Бога. Так промыслительно Господь не оставлял своего избранника.
Шли годы, но юного отрока не касались соблазны большого города. По-прежнему все свое свободное время он посвящал молитве и изучению святых отцов.
В возрасте 22 лет Анастасий переселился на остров Хиос и начал работать школьным учителем, здесь он не только преподает, но и проповедует. Его влияние на учеников было таково, что те, а через них и все взрослые, вскоре прониклись к нему любовью и глубоким уважением. Он создал из учеников прекрасный хор и сам пел с ними в сельской церкви, но душа его тянулась к монашеству. Анастасий посещал Афон и беседовал со старцами, и в конце концов ушел в монастырь, где принял постриг и сан диакона с именем Нектарий, которое известно теперь во многих странах.
Нектарий означает "безсмертный". Это имя как нельзя более подходило ему, ибо поистине в душе его тек Нектар Жизни.
Получив возможность продолжить образование, Нектарий оканчивает богословский факультет в Афинах, и тогда же его приближает к себе Александрийский Патриарх Сафроний. В сорокалетнем возрасте Патриарх рукополагает Нектария в священники. С ревностью и самоотвержением принял он новое послушание и назначение в Свято-Никольский храм города Каира. Через несколько лет в этом храме его посвящают во епископа Пентапольского. Епископское достоинство никак не изменило образа жизни и поведения Нектария.
Быстрое возвышение, любовь Патриарха и народа, а еще более добродетельная и чистая жизнь святителя во многих вызывали зависть и ненависть. Влиятельные люди патриаршего двора опасались, что всеобщая любовь к святителю приведет его в число претендентов на место Святейшего Патриарха Александрийского, так как Сафроний был уже в преклонных летах. Они оклеветали святителя, обвинив не только в посягательстве на патриаршество, но и в аморальной жизни. Митрополит Пентапольский был уволен в отставку и должен был покинуть египетскую землю. Он не пытался оправдываться и защищаться.Враждебная настроенность тенью следовала за ним и в Афинах, куда он перебрался. Тщетно он ходил по инстанциям, его нигде не хотели принимать. Архиерей Божией милостью, влача жалкое существование, был лишен не только утешения, но порой и хлеба насущного. Но Господь воздал ему за терпение.
Однажды, в очередной раз приняв отказ в министерстве по делам религии, святитель спускался по министерской лестнице со слезами на глазах. Увидев его в таком состоянии, мэр города заговорил с ним. Узнав о бедственном положении, в котором находился Нектарий, мэр добился для него места проповедника. Славный митрополит Пентапольский занял место простого проповедника в провинции Эвбея.
Любовь народа сопутствовала Нектарию. Но до конца жизни он должен был нести крест изгнания и имя опального митрополита, не принадлежащего ни к одной автокефальной Церкви.
До конца своих дней митрополит Пентапольский вынужден был находиться в непонятном каноническом положении, подписывая все свои бумаги “путешествующий епископ.”
Постепенно тьма клеветы отступала от имени опального святителя. Люди, видя его чистую и добродетельную жизнь, слушая вдохновенные проповеди, стремились к нему. Слава Пентапольского митрополита из провинции скоро дошла до столицы и до греческого королевского дворца. Королева Ольга, познакомившись с ним, вскоре стала его духовной дочерью. Благодаря ей он назначается директором богословской школы имени Ризари в Афинах. В ней готовили священнослужителей и светские церковные кадры. В период управления святителя школа пережила годы подъема.
К этому времени вокруг Нектария стали собираться его духовные чада, многие едут к нему за советом и благословением. Тогда же начинают проявляться в старце-святителе Дары Божией благодати: прозорливость, дар исцеления. 
В числе многочисленных духовных чад возле Владыки собрались несколько девушек, желающих посвятить себя монашеской жизни, но не решавшихся идти ни в один монастырь, чтобы не лишиться духовного руководства своего наставника.
Как пастырь добрый, заботясь о них, Нектарий стал присматривать подходящее место и останавливает свои поиски на острове Эгина. Найдя здесь развалины древнего монастыря, он на собственные средства покупает эту землю. Сюда приезжают первые насельницы.
К концу жизни еще один удар обрушился на Святителя. В монастырь пришла 18-летняя Мария Куда, убежавшая от деспотичной матери-свечницы. Святой Нектарий принял ее в монастырь. Тогда мать девушки подала жалобу на святого, обвинив его в совращении девушек и в убийстве рождаемых якобы ими младенцев. Следователь, прибывший в монастырь, обзывал святого кентавром и таскал старца за бороду, а тот смиренно отвечал ему и сам готовил еду обидчику, запрещая монахиням плакать и роптать. Девушку обследовал врач и подтвердил ее чистоту; “убитых” младенцев тоже, конечно, не нашли. После этого мать девушки сошла с ума, а следователь заболел тяжко и приезжал просить прощения у святого.
Святитель предсказывал своим послушницам, что монастырь их будет богат, если они будут усердно трудиться.
Вся жизнь нового монастыря проходила под руководством святителя Нектария, с которым сестер сводила постоянная переписка. Какой отеческой любовью, заботой и нежностью наполнены его письма. Некоторое время святитель одновременно руководил школой, пребывая в Афинах, и своим новоустроенным монастырем, но Господь распорядился так, что Владыка уходит в отставку из школы и навсегда переселяется на Эгину.
Двенадцать последних лет жизни провел он со своими инокинями, воспитывая их для Небесного Царствия. Много скорбей и искушений пришлось пережить им, но это были и годы благодатные. Обитель за это время приведена в порядок, налажено хозяйство.
Годы земной жизни святителя тем временем подходили к концу. Чувствуя это, он молился, чтобы Господь продлил отмеренный срок для завершения всех дел в монастыре, но как и всю жизнь, смиренно прибавлял: “Да будет Воля Твоя!”
Долго скрываемая болезнь наконец взяла свое. В сопровождении двух монахинь его отправили в больницу. Глядя на маленького, одетого в рясу старичка, мучившегося от страшной боли, дежурный служащий спросил: “Он монах?” “Нет, — ответила монахиня, — он епископ.” “Впервые вижу епископа без панагии, золотого креста, а главное — без денег,” — заметил служащий.
Святителя уложили в третьеразрядную палату для неизлечимых больных. Еще два месяца провел он в муках. В день празднования Архистратига Божия Михаила и всех Небесных Сил Господь призвал к себе душу святителя Нектария.
В больнице пробыл недолго, у него оказался рак. Чудеса происходили и в больнице, медсестры заметили, что бинты, которыми обвязывали раны Святителя, благоухают. Вместе со святым в палате лежал парализованный человек, и когда душа святого покинула этот мир, то он получил полное исцеление через рубашку святого Нектария.
После кончины (1920 год) тело святого начало мироточить. Когда гроб привезли на Эгину, то весь остров вышел проводить своего святого со слезами. Люди на руках несли гроб святого и потом заметили, что одежда, в которой они были во время похорон святителя, благоухает. Руки и лицо угодника Божия обильно мироточили, и монахини собирали миро ватой.
Погребен Святитель Нектарий в склепе монастыря, несколько раз склеп открывали по разным причинам и каждый раз убеждались, что тело нетленно. Даже фиалки, положенные в гроб девочкой, не были тронуты тлением.
Праведная кончина святого последовала 9 ноября 1920 года. В 1961 году состоялась канонизация Святителя, были подняты его святые мощи. Оказалось, что остались только косточки. Как сказали духовники, мощи истлели, чтобы их можно было разнести по всему миру на благословение от святого Нектария.